החלטת העצרת הכללית על הקמת מדינה יהודית בחלק מארץ ישראל הותירה את הגליל המערבי, על שמונת היישובים העבריים שהיו בו, מחוץ לתחומה, ומיד לאחר ההכרזה הושם הגליל המערבי תחת מצור.

בעיות הבריאות לא היו בסדר העדיפות הלאומי, גם בשל העובדה כי האוכלוסייה הייתה יחסית צעירה ולא נזקקה לשירותים רפואיים מיוחדים.

עם זאת נושא הלידות היה מפותח מאוד, ובעקבות המצור החליטו ד"ר ביאטה דוידסון אברהמוב, שהייתה אז בהריון, וד"ר אדמונד ווידנפלד, אשר היה הרופא היחידי על כל הגליל המערבי, ובחצי משרה, מטעם קופת חולים של ההסתדרות הכללית - לאלתר מחלקת יולדות בפנסיון שעל חופי נהריה.

עוד בתקופת המצור הקים פיקוד ההגנה בפנסיון אחר שבשדרות הגעתון בעיר נהריה מחלקה כירורגית לשם הגשת טיפול לנפגעי הקרבות. המקום כונה בית חולים צבאי מס' 3 אשר תיפקד עד סוף מלחמת השחרור וטופלו בו נפגעים רבים. בתום המלחמה התכוון הצבא לסגור את בית החולים, אך תושבי נהריה התנגדו לכך בתוקף. בהסדר שהגיע ראש המועצה גרשון טץ עם צה"ל, הועבר בית החולים לרשות המועצה על ציודו ומבניו.


בשנת 1950 החל ד"ר חיים שיבא, ששימש מנכ"ל משרד הבריאות, לתור אחר דרכים להקים בתי חולים בצריפים לכל איזור גיאוגרפי מאוכלס, ושנת 1952 אושר תקציב מיוחד לרכישת 10 צריפים להקמת בית חולים בנהריה, ואף הוקצה השטח לכך. אך עקב משבר ממשלתי וחילופי שרים – התכנית נדחתה.


בשנת 1954 פנה משרד הבריאות לג'וינט בבקשה להקים בית חולים, וזה נאות לבנות מוסד לטיפול בעולים נחשלים (מלב"ן), שדוגמתו היו בעוד מקומות בישראל, בהם אושפזו בעיקר יוצאי מחנות העקורים באירופה לצורכי טיפול ושיקום. הוקמו 9 צריפים שוודיים ופעל במתכונת זו עד לתחילת שנות השישים.


בשנת 1957 קיבל על עצמו משרד הבריאות את אחזקת בית החולים בנהריה והפך אותו לבית חולים ממשלתי. מחלקות מלב"ן צומצמו בהדרגה, וב-10.6.1962 הועבר המוסד כולו לידי משרד הבריאות.


בשנת 1967 הוכנס בית החולים לכוננות, כמו כל בתי החולים בארץ לקראת מלחמה אפשרית, אך עם פרוץ המלחמה לא היה עומס מיוחד על בית החולים ותוך זמן קצר חזר לשגרה.


בית החולים המשיך להתפתח ולגדול והוקמו שירותים נוספים כגון מחלקות נוירולוגיה, אורולוגיה, אורטופדיה, פגיה, מכון להתפתחות הילד ועוד.


במלחמת יום הכיפורים נכנס בית החולים לכוננות מיידית, תוך פינוי מחלקות, הכשרת אתרים לקליטת נפגעים וגיוס רופאים במקום אלו שגויסו. ב-1974 התקיפו מחבלים בית ספר במעלות והפצועים הועברו לבית החולים בנהריה. היה זה אירוע רב נפגעים (אר"ן) הראשון שעימו התמודדו לא רק בית החולים, אלא מערכת הבריאות בכלל.


מאז ידעו נהריה והגליל עשרות חדירות, פיגועים, ירי קטיושות ופגזי מרגמה מעבר לגבול. מפאת קרבתו לגבול לבנון הצוות למד להתארגן מהר ולעבוד בתנאי חירום, ומשנת 1982, עם פרוץ מלחמת לבנון הראשונה, סיגל לעצמו נהלי עבודה כבית החולים של קו העימות.

בצד נהלי עבודה אלה ועם הקמת האגף הכירורגי החדש בשנת 2003, נבנה מתחם האשפוז התת קרקע הראשון מסוגו בארץ אשר עמד לרשות התושבים, המטופלים והצוות בכל 33 ימי מלחמת לבנון השנייה קיץ 2006. במרוצת אותה המלחמה קלט בית החולים את מספר הרב ביותר של נפגעים, הן אזרחים והן חיילים. מתוך 1,872 הנפגעים, 300 היו חיילים.


בית החולים השקיע מאמצים כבירים בקליטת עלייה ופעילות מול יהדות התפוצות. היה מבין הראשונים לבצע קורסי השתלמות לאחיות יוצאות אתיופיה. כן נערכו קורסי הכנת רופאים עולים לבחינות רישוי וללימוד השפה עברית.


לאורך השנים בית החולים התפתח והתקדם והיה ראשון בתחומים רבים.
מאז סוף שנות השמונים אימץ בית החולים תוכניות לניהול איכות כוללת (TQM) בכל מחלקותיו, בשנת 1996 היה הראשון והיחיד שהוסמך על ידי מכון התקנים הישראלי בתקני ISO 9002, בשנת 1995 זכה בפרס הלאומי לאיכות במגזר הציבור ע"ש יצחק רבין, בתחום הבריאות, בשנת 1996 זכה במקום הראשון בתחרות "בית חולים נאה בישראל יפה" ובשנת 2009 זכה בפרס הלאומי לאיכות ומצוינות ע"ש יצחק רבין ז"ל על מצוינות בניהול תהליכים במסלול ארגוני בריאות.

 בימים אלה נמצא המרכז הרפואי בתנופה. בנייתו של האגף לבריאות האישה צפוייה להסתיים בתוך שנה.
 במרכז הרפואי נפתחו במהלך 2013 מחלקה נוירוכירורגית, יחידה להפריה חוץ גופית IVF ומחלקה פנימית ו'. במקביל עבר המכון האונקולוגי למיקומו החדש וזאת בסיוע תרומות של עמותת ידידי בית החולים לגליל.

בשנת 2014 זכה המרכז הרפואי בפרס "האריה השואג" של איגוד משרדי יחסי הציבור, הפרסום והדוברות בישראל, על קמפיין ארצי ובינלאומי שחשף את פעילות הצוותים בטיפול בפצועים הסורים שהובאו ממלחמת האזרחים במדינה.